水污染危害工農業生產，危害人體健康，破壞生態平衡，破壞魚類的生存條件，使水利變為水害，加重了水資源的危機。為此在《水法》第六條中規定：“各單位應當加強水污染防治工作，保護和改善水質。各級人民政府應當依照《水法》的規定，加強對水污染防治的監督管理。”
《水污染防治法》及相配套的行政法規，對水污染防治有下列主要規定：
（1）《水污染防治法》明確了環保部門是對水污染防治實施統一監督管理的相關。水利部門結合自己的職责协同环保部门对水污染防治实施监督管理。环保部门的工作侧重点放在污染源的监督管理；水行政部门的工作侧重点放在江河水质保护。二者相辅相成，密切协同配合才能收到实效。
（2）污染源的监督管理和控制方面，对于新建扩建改建的工程项目，实行环境影响报告书制度。环境影响报告书必须对建设项目可能产生的水污染和对生态环境的影响作出评价，规定防治措施，按照规定的程序审批。建设项目在实施时，必须贯彻主体工程与污染防止设施同时设计同时施工同时投产的“三同时”规定。水污染防治设施未经环保部门验收合格，工程不能投产。
（3）对于直接或间接向水体排放污染物的企事业单位，应当按章向环保部门申报登记，接受环保部门的监督管理。《水污染防治法》还规定了实行排污收费制度和超标排污收费制度，作为控制水污染的经济手段。在水污染的监督管理中水行政主管部门和水利部门，按照自己职责，协同环保部门做好监督管理工作。
（4）在生活饮用水源地，风景名胜区水体、重要渔业水体和其他有特殊经济文化价值的水体的保护区内，不得新建排污口。在保护区附近新建排污口，必须保证护区水体不受污染，排放污染物超过国家或者地方标准的应当治理，危害饮用水源的排污口，应当搬迁。在运河、渠道、水库等水利工程内设置排污口应当经济有关水利工程管理部门的同意。
（5）建立和健全水污染监测体系。环保部门以环境监测站为主体，水利部门以水文测验站为主体，二者发挥各自的优势密切配合，形成完整的水污染监测系统，为水污染防治规划、治理、管理、提供科学依据。
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