青海三江源自然保護區位於我國的西部、青藏高原的腹地、青海省南部，為長江、黃河和瀾滄江的源頭匯水區。其東、東南部與甘肅省、四川省相鄰，南部、西部與西藏自治區相接，北部分別與治多縣的可哥西裡國家級自然保護區、海西藏族蒙古族自治州的格爾木市和都蘭縣交界，東北部與海南藏族自治州的共和縣、貴南縣、貴德縣和黃南藏族自治州的同仁縣接壤。地理位置為北緯31。39’~36。12’，東經89。45’~102。23’，行政區域涉及包括玉樹、果洛、海南、黃南四個藏族自治州的14個縣和格爾木市的唐古拉鄉，總面積為15.23萬km2，約占青海省總面積的21%。三江源自然保護區面積按流域分為：黃河源區面積4.05萬km2，占保護區面積的26.6%；長江源區面積9.4萬km2，占保護區面積的61.7%；瀾滄江源區面積1.78萬km2，占保護區面積的11.7%。
青海三江源地區地處青藏高原腹地，是長江、黃河、瀾滄江三大河流的發源地。歷史上，三江源區曾是水草豐美、湖泊星羅棋佈、野生動物種群繁多的高原草原草甸區，被稱為生態“處女地”。近些年來，隨著全球氣候變暖，冰川、雪山逐年萎縮，直接影響高原湖泊和濕地的水源補給，眾多的湖泊、濕地面積縮小甚至乾涸，沼澤地消失，泥炭地乾燥並裸露，沼澤低濕草甸植被向中旱生高原植被演變，生態環境已十分脆弱。隨著人口的無節制增加和人類無限度的生產經營活動，又大大加速了該地區生態環境惡化的進度。特別是草地大規模的退化與沙化，不僅使該地區草地生產力和對土地的保護功能下降，優質牧草逐漸被毒、雜草所取代，一些草地危害動物如鼠類乘虛而入，導致草地載畜量減少，野生動物棲息環境品質減退，棲息地破碎化，生物多樣性降低。更為重要的是，隨著源區植被與濕地生態系統的破壞，水源涵養能力急劇減退，導致三江中下游廣大地區旱澇災害頻繁、工農業生產受到嚴重制約，並已直接威脅到了長江、黃河流域、乃至東南亞諸國的生態安全。
這一地區的嚴峻形勢引起了黨和政府及國際社會的廣泛關注。1999年，中國探險協會組織了水資源專家與其他科學家對瀾滄江的綜合考察，通過考察提出了“開發大西北，保護三江源”的建議。這一建議得到國家林業局、青海省政府、中國科協及中國科學院和有關部門的重視與支持。2000年2月2日，國家林業局以林護自字[2000]31號文《關於請儘快考慮建立青海三江源自然保護區的函》下發青海省。青海省人民政府立即組織有關部門編寫了青海三江源省級自然保護區規劃初步意見，並在2000年3月21日，由國家林業局、中國科學院和青海省人民政府聯合召開了“青海三江源自然保護區可行性研討會”，會議認為：“中華水塔”面臨著嚴重威脅，建立三江源自然保護區是西部大開發中生態環境建設的一大戰略任務，不僅將為西部地區的開發創造良好的自然環境，也為我國及東南亞各國的經濟發展及生態安全提供重要保證。加強三江源區的生態保護是歷史賦予中國人民的重要使命，不僅意義重大，而且刻不容緩。目前，建立保護區的時機和條件基本成熟，要不失時機地推進三江源自然保護區的建設。會後，青海省人民政府經過認真調研，於2000年5月批准建立三江源省級自然保護區，並於2001年9月批准成立了青海三江源自然保護區管理局。
三江源自然保護區的建立受到了党和國家領導人的高度重視，江澤民總書記親筆題寫了“三江源自然保護區”碑名，人大常委會副委員長布赫題寫了碑文，表達了中國政府對生態環境保護的決心。為具體落實江澤民總書記“再造一個山川秀美的西北地方”的重要指示，為西部大開發創造一個良好的生態環境，國家林業局將三江源自然保護區建設作為全國重點林業生態建設工程的“旗艦工程”，已先期於2001年投資啟動實施。
2001年8月，國家級自然保護區評審委員會辦公室派出專家組赴三江源地區進行了實地考察，國家環境保護總局、國家林業局、農業部、水利部也派員參與了考察。依據這次考察的成果，國家林業局規劃院和三江源保護區管理局依制定三江源保護區2001-2010年的10年建設總體規劃。2003年1月，國務院正式批准三江源自然保護區晉升為國家級。《青海三江源國家級自然保護區總體規劃》就是在原有規劃的基礎上，按照國家級保護區總體規劃編制要求、結合三江源保護區及主管部門提出的修改意見進一步修改而成。該規劃將作為青海三江源自然保護區中長期建設的綱領性檔
