故宮博物院於抗日戰爭的前夕，選擇重要文物南遷。1948年底，人民解放戰爭勝利在即，國民政府令故宮博物院挑選貴重文物以軍艦轉運臺灣。原故宮博物院文物分3批運走2972箱。一起運台的還有中央博物院籌備處文物852箱及其他單位文物。文物运台后，先存台中市，租借台中市糖厂仓库存放。1950年 4月，台中郊外雾峰乡吉峰村仓库落成，运台文物随即迁入新库存贮。1957年，在亚洲协会赞助下，在库房之外又建一小型陈列室，公开展览所藏文物。1965年，在现址建成新馆。新址为纪念孙中山先生百岁诞辰，命名为中山博物院。台湾“行政院”公布了《国立故宫博物院临时组织规程》，规定设置国立故宫博物院，中央博物院筹备处文物由故宫博物院保管使用，将来国家统一后，迁台文物仍交回原博物院。中央博物院归并故宫博物院后，故宫博物院全部文物由台中运至台北中山博物院，以此作为院址，1965年11月12日正式开幕。至此，运台文物才得到一个适当的保存环境。运台文物主要为书画、铜器、瓷器、玉器、漆器、珐琅、雕刻、文具、图书、文献及其他工艺品，初为230863件，中央博物院并入后，增至242592件。连同整理后的档案30余万件及受赠、收购1万余件，目前共有60万件。
该院陈列展览强调配合旅游观光事业及为大众服务的原则，院内辟有铜器、瓷器、玉器、书画等各种陈列室。先后举办“商周青铜礼器展”、“我国瓷器的发展”、“书画精华特展”、“故宫藏玉”、“中华民国开国史料展”等展览。在建院60周年之际，举办了大型综合陈列“华夏文化与世界文化之关系特展”。还在院内开辟了“三希堂古典茶艺雅座”和仿宋、明庭园“至善园”。为了方便外地民众参观，还举办了巡回文物展览，深入许多市县展出。
该院出版了《中华五千年文明集刊》、《国之重宝》、《惠风和畅》、《文物光华》、《故宫宝藏》、《元四大家》、《唐寅的研究》、《山水画皴法点苔之研究》、《清代通鉴长编》等著作，并影印出版了文渊阁《四库全书》。院内还有定期刊物《故宫文物月刊》和《故宫学术季刊》等。