CT檢查有三種方法，一是平掃，為普通掃描，是常規檢查；二是增強掃描，從靜脈注入水溶性有機碘，再進行掃描，可以使某些病變顯示更清楚；三是造影掃描，先行器官或結構的造影，再行掃描，如向腦池內注入造影劑或空氣進行腦池造影，再掃描，可清楚顯示腦池及其中的小腫瘤。
一般來說，CT對所有器質性疾病都可以進行檢查，尤其對密度差異大的器質性占位病变都能检查出来并做出定性诊断。但最适于CT检查的病是脑部疾病，其中对肿瘤、出血及梗塞等病检查效果最好，其次是腹部实质脏器的占位病变，如肝、脾、胰、肾、前列腺等部位的肿瘤，对乳腺、甲状腺等部位的肿块也能显示并做出诊断；再其次则是对胸腔、肺、心腔内的肿块，脊柱、脊髓、盆腔、胆囊、子宫等部位的肿块检查。CT对一些弥漫性炎症及变性性病变的检查效果稍差，如对肝炎，CT检查无多大价值，对胃肠道内病变的检查，CT不如内窥镜。
CT对肿瘤、肿块、出血等易于查出；但病变太小，尤其小于6毫米的病变，CT则难查出。
CT机属于放射线检查机器，所以有一定的放射线损伤，但人体所受的X线很少，每次检查所受的放射线仅比一般X光检查略高一点，一般不能引起损伤，但盲目的多次CT检查是不好的。
怀孕期间，做腹部CT检查要慎重，做其他部位检查时，也应对腹部采取一定的保护措施，以免X线对胎儿造成影响。
在CT检查前，病人的准备也很简单，只要检查前禁食即可。但腹部检查之前不能做其它造影检查，尤其不能用钡剂行消化道造影，以免肠内残留的造影剂形成伪影，影响CT图像质量，从而导致误诊。在头部扫描之前，应先照X线头颅平片和断层照片。肝、胆、胰检查前，要先做各项化验检查，照腹部平片，胆道造影和超声检查。肾脏检查前，应做肾盂造影和B超检查。胸部检查前，应照胸部平片和断层照片。脊柱检查前，要先行脊柱正侧、斜位照片等。以便选择最佳扫描方式和最合理的扫描范围。