清洗擦拭是保持摩托車外表清潔、美觀的主要手段。但清洗擦拭不當，會造成輪圈輻條氧化腐蝕和車身的早期損壞，甚至導致交通事故的發生。
車身和行路部分容量沾上泥土、灰塵及其它髒物。清洗時經常是一邊用水沖一邊用布擦拭，而鐵制的邊車車廂沖洗後不易幹，若長期用水沖洗，車廂底部和行李箱的凹部易積水銹蝕。所以在清洗時，應將摩托車停放在斜坡上，讓泥水從車廂底板前端的小孔流出，避免積水。沖洗後，應立即用布擦乾，保持輪圈輻條和車身內部的乾燥。
制动鼓与鼓盖的接合部位容量渗水（盘式制动的制动贺盘更易溅上水）。因为一般摩托车前、后轮的制动鼓都没有防水装置，用水冲洗车轮时，水就会直接流到制动蹄片上，造成制动打滑，甚至制动失灵。因此，每次清洗车轮后，就低挡行驶，反复轻踩（握）制动踏板（手柄），利用制动器摩擦副间产生的热量将水烘干，直到制动效能恢复为止。
化油器易进水造成故障。用水冲洗车辆时，水滴会从空气滤清器流入化油器内。启动时，不被燃烧的水被停留在气缸内和火花塞电极上，造成启动困难。当产生高压电后正遇上火花塞电极短路时，高压线圈就变成负载，很容易被高压电击穿烧毁。帮冲洗车辆时，应用塑料纸将空气滤清器、化油器包扎严密，避免泥沙和水钻进气缸。
由于摩托车发动机无机盖遮蔽而裸露，冲洗时水就会喷洒在气缸盖上的火花塞座孔和其它线路上，导致其窜电、短路，造成发动机工作不良或不易启动，严重时还会引起蓄电池大量放电。所以清洗后应用干布擦干火花塞座孔，及各种线路上被洒上的水，放可启动。
最后，还需注意的是，擦净点火开关钥匙眼、里程表和各种灯开关上的水滴，不然也会产生一定的麻烦。