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澳大利亞雪山調水工程建成後，為更好地發揮調水工程的長久效益，他們採取了一系列有效措施保護水環境。
一是嚴格控制農牧業用水增長。農牧業用水主要是農田灌溉與草場灌溉，耗水量大，排出的水體把農藥、化肥與有機物、鹽分帶往下游；另外，土地的開墾增加了水土流失的危險。基於這些原因，有關州政府達成共識，不再簽發新的農牧業取水許可證，並且根據斯諾伊河下游環保用水的呼聲日益高漲，雪山工程跨流域調水量有可能下降的形勢，準備出臺大幅度提高水价的政策。管理者们深切体会到，只有提高水价，才能从根本上改变灌溉技术落后，既浪费水又污染环境的被动局面。
二是全面加强水土保持工作。雪山工程供水系统中有诸多水库，它们起着举足轻重的作用。为了保证这些蓄水工程不受淤积的威胁，联邦政府极为重视水土保持工作。他们将雪山工程的水资源区辟为国家公园，国家公园内除供游人观光外，不发展其他产业。为了保护植被，游览者只能在特定的通道上行走，这种通道实际是高于地面的小木桥。
三是全社会自觉保护水质。在澳大利亚，水质保护的重点是防止蓝藻爆发和农田污水入河。阻止蓝藻生长的有效办法是减少有机物进入水体，为此沿河岸修筑了拦截板，防止落叶、枯草被卷入水中。另外，严格禁止未经处置的污水排入河道。现在各州已把引水量与其污水处理建设作为一个整体，处理能力大的地区将会在供水方面得到优惠。
四是采取措施降低土壤盐渍化。澳大利亚地下水很丰富，估计有4400亿立方米，但可用量只有703亿立方米，其他的均含盐分很高。在灌溉农业发展起来之前，地下水埋藏很深，对环境不产生影响。随着土地的开垦，降雨直接与裸露的土表接触，大大增加了入渗水量；大规模的灌溉，也增加了地下水补给量。高盐分地下水位的上升，使得大片土地受到盐碱化威胁，树木、植被大片死亡；含盐水向河道入渗，污染水源；城市建筑物的基础以及公路路基受到化学侵蚀的严重危害。对此，政府一方面严格限制农业用水量的增加，鼓励投资更新灌溉技术，严格限制河道取水，以保证河道有足够的流量冲洗盐分。